התפלה השניה שמתפלל היא התפלה העיקרית שלו, וא"כ אינה תפלה בציבור. ומכל מקום עצם זה שבא לבית הכנסת בזמן והתפלל עם הציבור, אף שתפלה זו לא היתה כהוגן, מכל מקום כיון שעיקר כוונתו היתה להתפלל בציבור, הוי כחושב לעשות מצוה ונאנס ולא עשאה שנחשב כאילו עשאה (עיין ברכות דף ו' ע"ב). ובודאי שיש עדיפות להתפלל בבית הכנסת מאשר מחוץ לבית הכנסת אפילו כשמתפלל ביחיד (שלחן ערוך סימן צ' סעיף ט'). ולכן היכן שיכול להתפלל בבית הכנסת בלי להטריח את הגבאי, כגון שמתפלל קצת מהר, ועד שכל האנשים יצאו יסיים תפלתו, עדיף. וכן אם יודע שהגבאי מסכים לחכות לו ואינו ממהר לדרכו יתפלל בבית הכנסת. אולם אם יודע שהגבאי ממהר ולא מוכן להמתין, עדיף שיתפלל מחוץ לבית הכנסת, שלא יהיה בבחינת מצוה הבאה בעבירה ח"ו.