תפלת מודה אני נתקנה על ידי רבי משה המכירי בעל "סדר היום", לאומרה כשקם משנתו שאין ידיו נקיות ולא יכול לומר מיד "אלהי נשמה" כתקנת הגמרא, לכן יאמר מודה אני. אבל כשהיה ער כל הלילה, נראה שאין טעם לאומרה. וברכת אלהי נשמה אומר כמנהג רוב העולם. וביום בודאי שאין לומר מודה אני, שאין הנשמה עולה למעלה.